Audit Keuangan Internal telah dilaksanakan di Universitas Ahmad Dahlan sebagai upaya untuk mengawal penjaminan mutu khususnya di bidang keuangan. Auditee dalam pelaksanaan Audit Keuangan Internal meliputi 11 fakultas; 53 program studi; 14 biro, badan, lembaga dan kantor; 9 pusat studi dan 8 unit lainnya sehingga total auditee sebanyak 101 unit. Ruang lingkup audit meliputi dana pengembangan tahun anggaran 2021/2022, pengelolaan dana droping kas, kepemilikan rekening unit, penerimaan dan pengelolaaan penerimaan dana dari luar universitas dan sistem pengendalian internal pada unit kerja. Tahapan audit diawali dengan desk review pada Laporan Pertanggungjawaban yang dikumpulkan oleh unit. Sampel diambil selama 18 hari pada Bulan Desember 2022 yang kemudian dilakukan pencermatan terkait kesesuaiannya dengan ketentuan yang berlaku. Audit Keuangan Internal dilaksanakan dengan prinsip Compliance Audit dengan topik pemeriksaan pada kesesuaian penentuan tarif, kesesuaian penggunaan anggaran,  kesesuaian TOR dan realisasi, dokumen dan kecukupan bukti. Berdasarkan hasil desk review tersebut maka dilakukan visit unit pada unit yang membutuhkan diskusi lebih lanjut. Hasil dari seluruh audit dilaporkan kepada Rektor. Diskusi untuk perumusan tindak lanjut dilakukan dengan dua tahap yaitu tahap I berupa diskusi dengan unit tertentu yang terkait dengan temuan dan tahap II berupa diskusi dengan seluruh pimpinan dan unit melalui Rapat Tinjauan Manajemen (RTM). RTM tersebut dilaksanakan sebagai salah satu langkah dalam upaya pengendalian terhadap hasil temuan saat audit. RTM Hasil Audit Keuangan Internal telah dilaksanakan pada Hari Selasa, 4 April 2023. Kedua tahapan diskusi tersebut telah menghasilkan rencana tindak lanjut yang akan dimonitoring pelaksanaannya oleh Badan Penjaminan Mutu sehingga dapat terwujud perbaikan berkelanjutan.